Le conseil délibère en l'absence du militaire concerné et de la personne qui l'assiste. Le conseil recommande soit de radier des cadres ou de résilier le contrat du militaire, soit de ne prononcer aucune de ces mesures. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
L'avis du conseil est remis à l'autorité habilitée à prononcer la radiation des cadres ou la résiliation de contrat dans les deux mois qui suivent la date de saisine. Si aucun avis n'est rendu à l'issue de ce délai, le ministre compétent met le conseil en demeure de se prononcer dans un délai déterminé qui ne peut être supérieur à un mois.