Le secrétariat général des ministères économiques et financiers comprend, outre le service du haut fonctionnaire de défense et de sécurité :
- le service des ressources humaines ;
- le service des achats, des finances et de l'immobilier ;
- le service de la communication ;
- le service de l'environnement professionnel ;
- la délégation à la modernisation ;
- la délégation aux systèmes d'information ;
- la délégation à l'encadrement supérieur,
ainsi que, directement placés auprès du secrétaire général, un bureau chargé de l'organisation du dialogue social et une mission “innovation”.
Le secrétaire général dispose, en outre, d'un cabinet ; la gestion des ressources communes des différentes composantes du secrétariat général lui est rattachée.