Dans chaque établissement est constitué un conseil scientifique conformément au décret n° 2018-90 du 13 février 2018 relatif à l'agrément des établissements de formation en chiropraxie. Il est chargé de garantir la qualité scientifique de la formation. Il définit les grandes orientations du cursus de formation, dans le respect du référentiel national, en lien avec les évolutions scientifiques et professionnelles.
Il a un rôle de veille scientifique sur tout sujet relatif à la chiropraxie. Il propose des thèmes de formation continue et de recherche.
Le conseil scientifique se réunit au moins une fois par an sur convocation du directeur de l'établissement.
Le compte rendu des séances est à la disposition de l'équipe pédagogique et des étudiants.