S'il apparaît au contrôleur budgétaire que la gestion de l'Agence remet en cause le caractère soutenable de l'exécution budgétaire au regard de l'autorisation budgétaire, la couverture de ses dépenses obligatoires ou inéluctables, la poursuite de son exploitation ou la qualité de la comptabilité budgétaire, il en informe l'ordonnateur par écrit. Celui-ci lui fait connaître dans les mêmes formes les mesures qu'il envisage de prendre pour rétablir la situation budgétaire.
Le contrôleur budgétaire rend compte de ces échanges aux ministres chargés du budget et des outre-mer et informe le commissaire du Gouvernement.