L'agence peut concourir à la mise en œuvre de fonds européens, notamment en qualité d'organisme payeur ou en qualité d'autorité de certification. Des arrêtés des ministres chargés de l'agriculture, de la pêche, de l'emploi et du budget fixent pour chaque catégorie de fonds européens les fonctions exercées par l'agence.
L'agence assure également la coordination des établissements publics agréés comme organismes payeurs pour la mise en œuvre de la politique agricole commune et de leurs délégataires. Lorsqu'elle assure la coordination d'opérations de préfinancement national des dépenses des organismes payeurs, elle peut être autorisée, dans les conditions prévues à l'article D. 313-40, à recourir à des emprunts ou à des lignes de trésorerie.
L'agence est chargée de la mise en œuvre des procédures de gestion relatives à la conditionnalité des aides au titre de la conditionnalité des aides de la politique agricole commune, en liaison avec les organismes spécialisés en matière de contrôle, les autorités coordinatrices de contrôle mentionnés à l'article D. 615-52 et les organismes payeurs des aides concernées.