Le collège de déontologie adopte un règlement intérieur qui définit son organisation et ses règles de fonctionnement. Il précise notamment les formes des saisines ainsi que les délais et formes de ses avis.
Les membres du collège de déontologie veillent, eux aussi, à prévenir les situations de conflits d'intérêts dans lesquels ils pourraient se trouver à l'occasion de l'examen d'une situation individuelle, dans les conditions prévues au 3° du II de l'article 25 bis de la loi du 13 juillet 1983 susvisée. Ils transmettent à cette fin leur déclaration d'intérêts au chef de l'IGAS conformément au décret du 28 décembre 2016 susvisé.