Lorsqu'un représentant du personnel titulaire ne peut siéger, sans qu'il s'agisse d'un cas d'empêchement définitif, il est remplacé par un suppléant de la même liste. Lorsque ni le titulaire ni le suppléant ne peuvent siéger, il n'y a pas lieu de pourvoir à leur remplacement. La composition est alors réduite aux seuls membres habilités à siéger. La représentation de l'administration est réduite dans les mêmes proportions dans les seuls cas où l'empêchement résulte de l'application de dispositions réglementaires.
En cas d'impossibilité de réunir une commission consultative paritaire régulièrement composée, il est fait appel à la commission consultative paritaire d'un autre département désignée par le directeur général de l'agence régionale de santé.