La commission comprend neuf membres nommés par arrêté du Premier ministre pour une durée de quatre ans renouvelable : un inspecteur général des finances, un inspecteur général de l'administration, un inspecteur général des affaires sociales, un membre du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux ayant le grade d'inspecteur général ou d'ingénieur général, un membre du service du contrôle général économique et financier ayant le grade de contrôleur général de 1re classe ou nommé dans un emploi de chef de mission de contrôle général économique et financier ainsi que quatre personnalités qualifiées ayant exercé des fonctions de direction, de contrôle ou d'expertise dans le domaine de compétence de la commission, dont deux ayant la qualité de fonctionnaire de l'Etat de catégorie A, en activité ou honoraire, et deux nommées sur proposition de l'Association des régions de France. Pour chacun des membres, un suppléant est nommé dans les mêmes conditions.
Le président et le vice-président de la commission sont nommés par le Premier ministre parmi les membres titulaires des inspections générales mentionnées à l'alinéa précédent, du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux ou du contrôle général économique et financier.
Le secrétaire général des affaires européennes ou son représentant peut assister aux réunions de la commission en qualité d'observateur, sauf lorsque celle-ci délibère sur les avis et les déclarations de clôture.