La commission des marchés est saisie par le président de l'agence des projets de contrats d'achats d'un montant supérieur ou égal à 90 000 euros hors taxes relevant de sa compétence en application de l'article R. 131-14 du code de l'environnement susvisé, hormis pour les contrats de maîtrise d'ouvrage sur sites pollués pour lesquels le seuil de saisine est fixé à 209 000 euros hors taxes. Par ailleurs, quel que soit leur montant, les marchés subséquents aux accords-cadres de maîtrise d'ouvrage sur sites pollués sont exonérés de présentation en commission des marchés.
La commission fait connaître son avis sur ceux-ci, sans délai, en séance.
Chaque dossier dont est saisie la commission est confié à un rapporteur que le président désigne soit parmi les membres de la commission, soit en faisant appel à une personne particulièrement qualifiée extérieure à l'agence. Le rapporteur recueille auprès du président de l'agence tous les éléments d'information nécessaires à l'étude du dossier. Il présente ses conclusions sur celui-ci en séance de la commission.
La commission adopte un avis sur les projets de contrats d'achats à la majorité des voix ; en cas de partage, la voix du président est prépondérante.
La commission ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres ayant voix délibérative sont présents.
Le recours à une procédure exceptionnelle de consultation écrite peut être décidé par le président, notamment lorsque la nécessité impose de consulter la commission dans les délais les plus brefs possibles. Dans ce cas, les membres de la commission sont consultés individuellement par tous moyens écrits, y compris par courriel. Leur avis et leur vote doivent également être exprimés par écrit dans les mêmes conditions.