La création des services communs par l'assemblée permanente en application des dispositions du 2° de l'article L. 513-2 fait l'objet d'une délibération prise en session à la majorité des deux tiers des membres en exercice. Cette délibération précise les modalités de calcul de la cotisation spécifique des établissements du réseau permettant de financer leur fonctionnement, la composition et les modalités de fonctionnement de leur comité directeur. Ces services fonctionnent sous l'autorité du directeur général dans le cadre des orientations fixées par l'assemblée.
La gestion de ces services fait l'objet chaque année d'un compte rendu à l'assemblée permanente. Ce compte rendu est transmis au ministre chargé de l'agriculture.