L'établissement de l'élevage est agréé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture après avis de la Commission nationale d'amélioration génétique et du Conseil national d'orientation de la politique sanitaire animale et végétale (section animale). Le cahier des charges annexé à l'arrêté d'agrément fixe les limites de la circonscription de l'établissement et précise les modalités d'exercice de ses missions.
L'agrément peut être suspendu ou retiré lorsque l'établissement agréé ne satisfait pas aux conditions d'exercice de ses missions fixées par les dispositions législatives ou réglementaires du chapitre II du titre Ier du livre II ou du chapitre III du titre V du livre VI ou par son cahier des charges ou, lorsque son fonctionnement s'avère défectueux à la suite de contrôles administratifs. La Commission nationale d'amélioration génétique doit être consultée au préalable quand les défaillances constatées concernent les activités énumérées aux articles R. 653-47 et D 653-51 à D. 653-59. La Commission nationale d'identification doit être consultée quand les défaillances constatées concernent les activités énumérées à l'article L. 212-7.
Les décisions de suspension ou de retrait d'agrément ne peuvent intervenir qu'après que l'établissement intéressé a été informé des motifs et de la nature des mesures envisagées et à l'expiration d'un délai qui ne peut être inférieur à un mois.
Dans les zones non encore pourvues d'un établissement de l'élevage agréé ou en cas de suspension ou de retrait d'agrément, les opérations mentionnées aux articles L. 212-7 et D. 653-51 peuvent être confiées à un autre organisme, si nécessaire à titre temporaire, après avis, sauf urgence, de la Commission nationale d'amélioration génétique et du Conseil national d'orientation de la politique sanitaire animale et végétale (section animale).