Pour sa gestion et son fonctionnement, le commissariat général à l'égalité des territoires relève du secrétariat général prévu à l'article 1er du décret n° 2008-680 du 9 juillet 2008 portant organisation de l'administration centrale du ministère de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de l'aménagement du territoire.