Le service d'infrastructure de la défense est dirigé par un directeur central.
Il peut disposer d'un adjoint. Sa suppléance est assurée par son adjoint dans des conditions précisées par instruction.
Il dispose en outre :
-d'un état-major opérationnel ;
-d'un bureau des affaires réservées ;
-d'un responsable des affaires nucléaires ;
-d'un officier de sécurité ;
-d'un bureau sécurité des systèmes d'information ;
-d'un coordonnateur central délégué à la prévention ;
-de directeurs de projet et de chargés de mission.