Les déchets qui ne peuvent pas être valorisés sont éliminés dans des installations réglementées conformément au Code de l'Environnement. L'exploitant est en mesure d'en justifier l'élimination sur demande de l'inspection de l'environnement, spécialité installations classées.
L'exploitant met en place un registre caractérisant et quantifiant tous les déchets utilisés et générés par ses activités (nature, tonnage, filière d'élimination, …) conformément à l'arrêté du 29 février 2012. Il émet un bordereau de suivi dès qu'il remet ses déchets dangereux à un tiers.
Tout brûlage à l'air libre est interdit.