L'Etablissement de retraite additionnelle de la fonction publique est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, à l'exception du 2° de l'article 175. Par dérogation à l'article 178 du même décret, les crédits relatifs aux frais externes de gestion financière du régime ont un caractère évaluatif. En outre, les prestations servies par le régime ne font pas l'objet de comptabilité budgétaire.
Il est doté d'un plan comptable adapté à ses spécificités, approuvé par arrêté conjoint du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale, après avis du Conseil de normalisation des comptes publics.
Les comptes sont tenus de façon à distinguer la gestion du régime lui-même du fonctionnement propre de l'établissement.
Par dérogation aux dispositions du troisième alinéa de l'article 212 du décret du 7 novembre 2012 précité, le compte financier de l'Etablissement de retraite additionnelle de la fonction publique est soumis au conseil d'administration avant le 30 mai de l'exercice suivant.
Par dérogation au dernier alinéa de l'article 214 du même décret, à défaut de délibération du conseil d'administration arrêtant le compte financier, ce document est mis à la disposition du juge des comptes dans les sept mois suivant la clôture de l'exercice, dans l'état où il a été visé par l'ordonnateur.
Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret du 20 juillet 1992 susvisé.
L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale.