Le conseil national de l'industrie constitue des comités stratégiques de filière chargés de traiter de façon spécifique les questions relatives aux différents secteurs qui les composent et aux relations entre les différents acteurs de ces filières.
Ces comités ont pour mission, chacun pour la filière dont il a la charge, d'effectuer un suivi de l'évolution des activités relevant de son champ de compétence, de l'emploi industriel et de l'adéquation du dispositif de formation et des mesures de politique industrielle spécifiques à la filière concernée, et de faire des propositions d'actions destinées à développer la compétitivité de la filière, notamment à l'international. Des contrats de filière sont élaborés à partir des propositions des comités stratégiques de filière. Les comités stratégiques de filière en suivent la mise en œuvre.
Chaque comité stratégique de filière est présidé par un représentant des entreprises de la filière.
Le conseil national de l'industrie peut créer en son sein des sections thématiques, à l'initiative du comité exécutif ou sur proposition des comités stratégiques de filière. Chaque section est dotée d'un mandat précis et peut faire appel à des experts pour l'assister dans ses travaux.
Le comité exécutif examine les contrats de filières et les rapports qui lui sont présentés par les comités stratégiques de filière et par les différentes sections thématiques.