La convention créant un centre de formation d'apprentis est assortie d'annexes pédagogiques qui précisent, pour chaque titre ou diplôme, le contenu et la progression des formations ainsi que les conditions d'encadrement des apprentis.
Pour les diplômes, ces annexes pédagogiques doivent respecter les règles communes minimales définies par arrêté du ministre chargé de l'éducation nationale ou du ministre chargé de l'agriculture ou du ministre intéressé. Les commissions professionnelles consultatives ou les organismes qui en tiennent lieu sont associés à leur préparation.
Pour les titres à finalité professionnelle, les annexes pédagogiques doivent respecter les règles définies par chaque ministre intéressé ou l'organisme certificateur lorsque la réglementation le prévoit.
Lorsqu'une formation est dispensée en tout ou partie à distance, les annexes pédagogiques précisent les durées et modalités de suivi et d'accompagnement assurés par le centre de formation d'apprentis auprès des apprentis.