Le secrétariat général des ministères économiques et financiers comprend, outre le service du haut fonctionnaire de défense et de sécurité :
- le service des ressources humaines ;
- le service des affaires financières et immobilières ;
- le service de la communication ;
- le service de l'environnement professionnel ;
- la délégation à la modernisation ;
- la délégation aux systèmes d'information ;
- la délégation à l'encadrement supérieur,
ainsi que, directement placés auprès du secrétaire général, un bureau chargé de l'organisation du dialogue social, une mission ministérielle des achats, dirigée par le responsable ministériel des achats, et une mission “innovation”.
Le secrétaire général dispose, en outre, d'un cabinet ; la gestion des ressources communes des différentes composantes du secrétariat général lui est rattachée.