Sans préjudice des missions confiées au Muséum national d'histoire naturelle, notamment par le décret n° 2001-916 du 3 octobre 2001 relatif au Muséum national d'histoire naturelle et le IV de l'article L. 411-1 A, l'Agence française pour la biodiversité reprend, pour la mise en œuvre des politiques de connaissance et de conservation de la biodiversité conduites par le ministère chargé de l'environnement, les activités suivantes exercées par le Muséum national d'histoire naturelle :
1° Mise en œuvre de programmes nationaux d'inventaire, de suivi, de cartographie et d'évaluation de la biodiversité, et animation des réseaux contribuant à ces programmes ;
2° Production et administration de référentiels de données, standards, méthodes ou protocoles pour l'acquisition, la gestion et la diffusion des données ;
3° Valorisation et diffusion de données de la biodiversité ;
4° Préparation de rapports requis par les directives et règlements européens ;
5° Expertise pour la mise en œuvre des réglementations pour la conservation ou la préservation des espaces naturels et des espèces sauvages ;
6° Conception, développement et gestion de services numériques nécessaires à ces activités.