Conformément à l'article L. 632-4 du code de l'éducation, la soutenance avec succès de la thèse permet la délivrance du diplôme d'Etat de docteur en médecine par les universités accréditées à cet effet. Elle permet l'inscription conditionnelle annuelle à l'ordre des médecins, sous réserve des dispositions de l'article L. 4112-6 du code de la santé publique, et l'entrée en phase 3 sous réserve de la validation de la phase 2 de la maquette du diplôme d'études spécialisées suivi. Cette inscription est subordonnée à l'inscription de l'étudiant à l'université. Ce dernier transmet, chaque année universitaire, au conseil départemental auprès duquel il a obtenu sa première inscription conditionnelle la preuve de son inscription à l'université.
En cas de non-soutenance ou de non-validation de la soutenance à la fin de la phase 2, l'étudiant s'inscrit en année de thèse s'il a validé la phase 2. Les internes des hôpitaux des armées sont réinscrits à l'université en année de thèse et affectés par le ministre de la défense dans un lieu de stage agréé relevant du service de santé des armées ou auprès d'un praticien agréé-maître de stage des universités de ce service.
Conformément à l'article L. 634-1 du code de l'éducation après validation du troisième cycle et soutenance avec succès de la thèse, les étudiants inscrits en troisième cycle long des études odontologiques obtiennent en plus du diplôme d'Etat de docteur en chirurgie dentaire le diplôme d'études spécialisées de chirurgie orale.