Le service comptable de l'Etat comprend la sous-direction de la comptabilité de l'Etat, la sous-direction des dépenses de l'Etat et des opérateurs ainsi que, directement rattachées au chef du service, une mission de mise en œuvre du projet CHORUS et une mission " responsabilité, doctrine et contrôle interne comptables " conjointement rattachée au service des collectivités locales.