Les comptes financiers des universités Lille-I, Lille-II et Lille-III relatifs à l'exercice 2017 sont respectivement établis par les agents comptables en fonction lors de la suppression de chaque université. Ils sont arrêtés par le conseil d'administration de l'université de Lille.
L'assemblée constitutive provisoire adopte, pour l'année 2018, le budget de l'université de Lille préparé par l'administrateur provisoire ou par le président de l'université de Lille.