Si le contrôle fait apparaître que les végétaux, produits végétaux et autres objets ne sont pas indemnes d'organismes nuisibles ou, le cas échéant, ne respectent pas les exigences particulières mentionnées aux a et b du 4° de l'article D. 251-3, le passeport phytosanitaire n'est pas délivré ou est retiré et une ou plusieurs des mesures prévues aux articles L. 251-8 et L. 251-14 sont prises immédiatement.
Toutefois, s'il apparaît qu'une partie des végétaux, produits végétaux et autres objets cultivés, produits utilisés par le producteur ou qui sont présents de toute autre manière chez celui-ci, ne présente pas de risque de propagation d'organismes nuisibles, le passeport phytosanitaire est délivré pour la partie saine.
Dans le cas d'échanges intracommunautaires de végétaux, produits végétaux et autres objets mentionnés au a du 5° de l'article D. 251-3, s'il apparaît qu'au moins une des exigences particulières mentionnées au a du 4° du même article n'est pas remplie, un passeport phytosanitaire peut être délivré pour la partie respectant lesdites exigences si elle ne présente pas un risque de dissémination d'organismes nuisibles.