Le Commissariat général à l'égalité des territoires est dirigé par un commissaire général. Il a pour adjoint un commissaire général délégué, directeur de la ville et de la cohésion urbaine. Le commissaire général est également assisté de deux directeurs chargés respectivement des stratégies territoriales et du développement des capacités des territoires.
Lui sont aussi directement rattachés un délégué interministériel au développement de l'axe portuaire et logistique Méditerranée-Rhône-Saône et un délégué interministériel pour le renouveau du bassin minier du Nord et du Pas-de-Calais.
Le délégué interministériel au développement de l'axe portuaire et logistique Méditerranée-Rhône-Saône prépare, anime et coordonne les travaux du comité directeur pour le développement de l'axe portuaire et logistique Méditerranée-Rhône-Saône. Il définit les conditions d'élaboration du schéma mentionné à l'article 6-1, et notamment les modalités selon lesquelles y sont associées les personnes publiques concernées par celui-ci.
Le délégué interministériel pour le renouveau du bassin minier du Nord et du Pas-de-Calais coordonne l'action des services de l'Etat ainsi que celle des opérateurs concernés pour la mise en œuvre de l'engagement pour le renouveau du bassin minier du Nord et du Pas-de-Calais. Il a pour mission :
1° De créer les conditions de négociation et de signature du contrat d'engagement pour le renouveau du bassin minier du Nord et du Pas-de-Calais ainsi que des conventions d'application financières avec l'ensemble des collectivités territoriales et partenaires concernés. Il veillera à leur bonne exécution ;
2° De créer les conditions de l'inscription dans la durée de la mise en œuvre de l'engagement pour le renouveau du bassin minier du Nord et du Pas-de-Calais ;
3° D'animer le dialogue, à travers des instances appropriées, avec l'ensemble des partenaires impliqués dans la mise en œuvre de l'engagement mentionné au b du 1° ;
4° D'assurer l'évaluation des actions menées par les différents acteurs du bassin minier.
En outre, le commissariat comprend les directions mentionnées ci-après et la mission de coordination de l'action interministérielle et sectorielle.