La sous-direction des infrastructures techniques et de l'exploitation veille à la cohérence des choix techniques et définit le schéma directeur des infrastructures. Elle assure la programmation financière des plans d'équipement techniques.
Elle anime et coordonne l'action des services déconcentrés dans les domaines relevant de sa compétence. Elle contribue au pilotage et à l'animation du réseau des centres académiques de traitement de l'information et des pôles de compétences.
Elle assure également le rôle de centre de services en informatique et télécommunications pour l'administration centrale en mettant à disposition des utilisateurs les équipements et les services associés.
Enfin, elle comprend la mission du centre opérationnel de sécurité des systèmes d'information ministériels pour remplir des missions de surveillance, de détection et d'intervention dans ce domaine, sous l'autorité fonctionnelle du haut fonctionnaire de défense et de sécurité.
La sous-direction des infrastructures techniques et de l'exploitation est constituée :
― du bureau des expertises techniques, des projets d'infrastructures et de la sécurité des systèmes d'information ;
― du bureau du pilotage de l'exploitation des systèmes d'information.
― outre la mission du centre opérationnel de sécurité des systèmes d'information ministériels, du bureau des infrastructures techniques et des prestations de service informatique pour l'administration centrale.