La direction du numérique pour l'éducation comprend, outre la cellule expertise et relations partenariales, le secrétariat des instances stratégiques, la mission communication, le bureau du budget et du contrôle de gestion et la direction de programme des systèmes d'information des ressources humaines :
― le service du développement du numérique éducatif ;
― le service des technologies et des systèmes d'information.
Les chefs de service ont qualité d'adjoint au directeur pour les questions relevant de leurs compétences.