Le bureau des partenaires institutionnels et des territoires pilote l'organisation territoriale et la structuration des établissements et services du secteur public et du secteur associatif. Il veille notamment à l'articulation des projets stratégiques territoriaux au regard des objectifs nationaux de la direction.
Il élabore et suit les modalités administratives de mise en œuvre des missions de protection judiciaire de la jeunesse par les services et les établissements, quel qu'en soit le statut.
Il suit les dossiers et la réglementation intéressant la décentralisation des compétences concernant la protection de l'enfance.
Il assure et structure les liens avec les acteurs de la protection de l'enfance au niveau national.
Il assure la connaissance et l'analyse de la direction sur ses structures d'administration territoriale et sur le fonctionnement d'ensemble de la justice des mineurs dans chaque ressort géographique. Il s'assure de la cohérence de la politique menée au niveau national et territorial, en matière de complémentarité, de coordination et d'organisation des actions des acteurs de la justice des mineurs, notamment les juridictions des mineurs, les directions territoriales de la protection judiciaire de la jeunesse, les services des collectivités territoriales et les associations.
Il veille à ce que l'implantation des services et des établissements, quel qu'en soit le statut, et, en relation avec la direction des services judiciaires, des juridictions des mineurs, réponde aux besoins en matière de protection judiciaire de la jeunesse.
Il définit la politique de contrôle des services et des établissements chargés de mesures judiciaires d'investigation, de protection et d'éducation ainsi que d'actions favorisant l'insertion des publics concernés. Il s'assure de sa mise en œuvre.