Un comité d'établissement est créé à l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse. Organisme consultatif, il peut connaître de toutes questions relatives à la qualité de la vie scolaire. Il participe notamment à l'élaboration du règlement intérieur de l'établissement arrêté par le directeur général de l'école.
Le comité d'établissement, présidé par le directeur général, comprend 16 membres. Il est composé par les membres du comité de direction, deux représentants de chacun des services de l'école, deux des délégués élus des éducateurs stagiaires, un délégué élu de la promotion des directeurs de service stagiaires et un représentant des professionnels en formation continue. En fonction des sujets abordés, le directeur général fait appel aux personnes qualifiées susceptibles d'enrichir ses travaux.
Le comité d'établissement se réunit à la demande du directeur général ou du tiers de ses membres et au moins une fois par an.
Les propositions formulées par le comité d'établissement sont examinées par le comité technique de l'école.