Le secrétariat général assure la gestion des moyens alloués en adéquation avec les missions et objectifs de l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse. A ce titre, il est chargé :
1° De gérer les ressources humaines, les effectifs et la masse salariale ;
2° De programmer, établir et suivre le budget ;
3° De piloter les projets informatiques, les marchés publics ainsi que toutes les opérations et prestations nécessaires au fonctionnement de l'école ;
4° D'optimiser les moyens alloués grâce au contrôle de gestion et à la comptabilité analytique ;
5° D'assurer l'interface entre l'administration centrale et l'école sur toutes les enquêtes diverses et remontées statistiques relatives à son activité, l'alimentation du bilan formation de la direction de la protection judiciaire de la jeunesse et du bilan social.