L'école comprend des départements et, en tant que de besoin, des services communs. Ces départements et services sont créés par délibération du conseil d'administration. Leur fonctionnement est défini par le règlement intérieur de l'établissement.
L'Ecole nationale supérieure des arts et techniques du théâtre est dirigée par un directeur assisté d'un directeur général des services, ainsi que d'un directeur des études et d'un directeur technique, nommés par le directeur de l'école après avis du conseil d'administration. Elle est administrée par un conseil d'administration assisté d'un conseil académique et artistique.