Le directeur assure, dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration, la direction et la gestion de l'établissement. Il assiste avec voix consultative aux réunions du conseil et lui rend compte de sa gestion.
Le directeur exerce notamment les compétences suivantes :
1° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
2° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
4° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement et nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ;
5° Il est responsable du maintien de l'ordre au sein de l'établissement. Lorsque celui-ci est installé dans les locaux de l'université à laquelle l'institut est associé, le directeur peut recevoir délégation du président de l'université à cette fin ;
6° Il répartit les services d'enseignement et désigne les jurys d'examen ;
7° Il conclut les contrats, conventions et marchés ;
8° Il est chargé de l'organisation des opérations électorales.
Le directeur peut déléguer sa signature à un chef de service ou un enseignant-chercheur. Il peut désigner un suppléant appelé à le remplacer en cas d'empêchement.