Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires dans un délai de quinze jours à compter de la réception des procès-verbaux par le recteur, à moins que celui-ci n'en autorise l'exécution immédiate. Dans le même délai, le recteur peut s'opposer à l'exécution d'une délibération. Il peut procéder à l'annulation de la décision litigieuse dans le délai d'un mois à compter de la date à laquelle il a signalé son opposition à l'établissement. Si aucune décision n'intervient dans ce délai, l'opposition du recteur est levée de plein droit.
Toutefois, les délibérations portant sur le budget et ses modifications, le compte financier, les acquisitions et aliénations d'immeubles ne sont exécutoires qu'après approbation par le recteur.
Les délibérations relatives aux emprunts sont approuvées par les ministres chargés de l'économie et des finances, du budget et de l'enseignement supérieur.