Conformément au 3° du I de l'article 219 du code des douanes, la francisation d'un navire de commerce ou de plaisance peut être également obtenue par un agrément spécial accordé conjointement par le ministre chargé des transports et le ministre chargé des douanes.
La demande d'agrément est adressée aux services du ministre chargé des transports qui, après instruction, la transmettent à l'administration des douanes et droits indirects assortie de la décision ministérielle.
Elle est accompagnée de l'ensemble des pièces permettant de justifier de la situation du navire au regard des conditions relatives à la francisation fixées par l'article 219 du code des douanes, notamment des conditions relatives à la gestion du navire.