Le grand port maritime de Marseille assure au cours de la première année d'exercice le secrétariat du conseil de coordination et prend en charge ses dépenses de fonctionnement. Il prépare les délibérations du conseil.
Le conseil adoptera un règlement intérieur qui définira notamment l'organisation du secrétariat et la prise en charge de ses dépenses de fonctionnement à l'issue de la première année.