Par dérogation à l'article D. 5312-44 du code des transports, le ministre chargé des ports maritimes nomme un commissaire du Gouvernement. Celui-ci assiste aux délibérations du conseil.
Les décisions du conseil lui sont soumises dans les conditions définies à l'article R. 5312-25 du code des transports.
Un membre du contrôle général économique et financier peut être associé aux travaux du conseil à sa demande.