Les comptes du Conseil économique, social et environnemental sont tenus par le trésorier, qui n'est pas soumis aux dispositions applicables aux comptables publics telles que définies aux articles 9, 13 à 17 et 19 à 21 du décret du 7 novembre 2012 susvisé mais assume les missions prévues à l'article 18 du même décret, à l'exception des poursuites en vue du recouvrement de créances. Ces dernières sont diligentées à la demande du Premier ministre ou de son délégataire.
Les fonds versés en application de l'article 3 sont déposés au Trésor. Toutefois, le trésorier est autorisé à ouvrir un compte bancaire en vue de l'exécution d'opérations spécifiques, notamment celles correspondant au 2° et au 3° de l'article 4.