Le conseil d'administration élit pour une durée de six ans, parmi les membres représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements, un président et cinq vice-présidents.
Le président et les vice-présidents sont répartis de la façon suivante :
-un représentant de la région au moins ;
-un représentant d'un département au moins ;
-un représentant de Bordeaux Métropole au moins ;
-un représentant des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre mentionnés au d du 1° de l'article 5 au moins ;
-un représentant des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et communes visés au e du 1° de l'article 5 au moins.
Il élit également douze membres qui, avec le président, les cinq vice-présidents et un représentant de l'Etat désigné par les membres de ce collège en son sein, constituent le bureau.
Celui-ci comporte deux représentants de la région Nouvelle-Aquitaine, trois représentants des départements, un représentant de Bordeaux Métropole, sept représentants des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre mentionnés au d du 1° de l'article 5, cinq représentants des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et communes mentionnés au e du 1° de l'article 5, un représentant de l'Etat.
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Les vice-présidents suppléent, dans l'ordre de leur élection, le président en cas d'absence ou d'empêchement.