Le conseil d'administration élit parmi ses membres, pour une durée de six ans, un président issu du collège des représentants du conseil régional et quatre vice-présidents.
Les vice-présidents sont répartis de la façon suivante :
- un représentant d'un département ;
- deux représentants des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre mentionnés au c du 1° de l'article 5 ;
- un représentant des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et communes visés au d du 1° de l'article 5.
Les vice-présidents suppléent, dans l'ordre de leur élection, le président en cas d'absence ou d'empêchement.
Le conseil d'administration élit également cinq membres qui, avec le président, les quatre vice-présidents et deux représentants de l'Etat, désignés par les membres de ce collège en son sein, constituent le bureau. Celui-ci comporte, outre le président, les vice-présidents et les représentants de l'Etat, un représentant de la région Occitanie, un représentant d'un département, deux représentants d'établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre mentionnés au c du 1° de l'article 5 et un représentant des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et communes mentionnés au d du 1° de l'article 5.