Le préfet procède à l'instruction de la demande.
Il recueille l'avis du procureur général près la cour d'appel dans le ressort de laquelle l'association a son siège social. Cet avis est réputé favorable faute de réponse dans le délai de deux mois.
Lorsque l'agrément est sollicité dans un cadre national, le préfet, après instruction de la demande, transmet le dossier, avec son avis, au ministre chargé de l'environnement.