Lorsque le déroulement des opérations fait apparaître la nécessité d'une modification substantielle du projet scientifique d'intervention, un projet révisé est soumis au préfet de région, qui dispose d'un délai de quinze jours pour l'approuver ou en demander la modification. L'absence de décision notifiée dans le délai précité vaut autorisation.
En cas de découvertes survenues pendant l'opération conduisant à remettre en cause les résultats du diagnostic et les données scientifiques du cahier des charges, le préfet de région peut formuler des prescriptions complémentaires.
Lorsqu'au cours des opérations, il apparaît nécessaire pour l'opérateur de recourir à un sous-traitant pour la réalisation de prestations scientifiques, celui-ci le déclare au préfet de région préalablement à son engagement.
Les modifications et prescriptions complémentaires mentionnées aux alinéas précédents ne peuvent conduire à modifier l'économie générale du contrat mentionné à l'article R. 523-44.