Le ministre chargé de l'agriculture instruit les programmes d'indemnisation et procède à l'évaluation de la contribution.
Il vérifie notamment :
― le respect des conditions prévues aux articles D. 361-65 et D. 361-68 ;
― l'absence d'indemnisation des pertes économiques énumérées dans le programme d'indemnisation au titre d'autres dispositions nationales ou d'autres régimes de l'Union européenne ;
― l'absence de surcompensation pour les agriculteurs affiliés au fonds de mutualisation des pertes économiques indemnisées.
L'absence de tout ou partie des pièces justificatives prouvant l'admissibilité du programme d'indemnisation ou la non-conformité de ces pièces peut entraîner son inéligibilité partielle ou totale.