L'Institut national de l'origine et de la qualité est une des autorités compétentes au sens du règlement (CE) n° 882/2004 du 29 avril 2004 relatif aux contrôles officiels effectués pour s'assurer de la conformité avec la législation sur les aliments pour animaux et les denrées alimentaires et avec les dispositions législatives relatives à la santé animale et au bien-être des animaux.
Il est une des instances de contrôle au sens de l'article 90 du règlement (UE) n° 1306/2013 du Parlement européen et du Conseil du 17 décembre 2013 relatif au financement, à la gestion et au suivi de la politique agricole commune et abrogeant les règlements (CEE) n° 352/78, (CE) n° 165/94, (CE) n° 2799/98, (CE) n° 814/2000, (CE) n° 1200/2005 et n° 485/2008 du Conseil.
L'Institut national de l'origine et de la qualité est également une des autorités compétentes pour la délivrance des dérogations et autorisations individuelles prévues par les règlements (CE) n° 834/2007 du Conseil du 28 juin 2007 relatif à la production biologique et à l'étiquetage des produits biologiques et (CE) n° 889/2008 de la Commission du 5 septembre 2008.