Le conseil d'administration élit en son sein un président et comprend deux vice-présidents. Le premier vice-président est le représentant désigné par le ministre chargé de l'urbanisme. Le conseil d'administration élit le second vice-président parmi les membres siégeant en qualité de représentant des collectivités territoriales ou de leurs groupements.
En cas de vacance de la présidence du conseil d'administration, pour quelque cause que ce soit, le premier vice-président ou, à défaut, le second vice-président ou, si ce dernier est à son tour empêché, le préfet de la région d'Ile-de-France peut convoquer un conseil d'administration, dont l'ordre du jour comporte l'élection d'un nouveau président et, le cas échéant, du vice-président à remplacer.
Le président et le vice-président élus sont désignés pour une durée de quatre ans. Ils sont rééligibles.