Les conseillers recrutés parmi les anciens élèves de l'Ecole nationale d'administration sont nommés par décret du Président de la République à compter du lendemain du dernier jour de leur scolarité à l'école.
Ils choisissent leur chambre d'affectation, suivant leur rang de classement, sur une liste arrêtée par le premier président de la Cour des comptes, après avis du Conseil supérieur des chambres régionales des comptes. Les affectations sont prononcées par décision du premier président de la Cour des comptes.
Les conseillers qui n'exercent pas de choix sont affectés d'office. Si les intéressés n'acceptent pas cette affectation, ils sont considérés comme démissionnaires.
Dans les douze mois suivant leur entrée en fonctions, ils effectuent une ou plusieurs périodes de formation organisées par la Cour des comptes.