Les pièces nécessaires à l'instruction du dossier peuvent être transmises sous forme dématérialisée. Dans ce cas, elles sont transmises au représentant de l'Etat dans le département via le système mentionné à l'article D. 331-111 et le maître d'ouvrage a accès en continu au suivi du traitement de sa demande de décision favorable. En cas de subvention, il peut également effectuer ses demandes de paiement sous forme dématérialisée.
Des mesures de protection sont prises pour assurer la sécurité de transmission et l'opposabilité des pièces au représentant de l'Etat dans le département, aux maîtres d'ouvrage et aux financeurs des opérations, notamment à la société mentionnée à l'article L. 313-19, à la Caisse des dépôts et consignations, aux collectivités territoriales et à leurs groupements.