Les forces françaises stationnées sur le territoire de la République de Djibouti sont placées sous le commandement d'un officier général qui porte le titre de commandant des forces françaises stationnées à Djibouti.
Cet officier relève directement du chef d'état-major des armées.
Il est assisté par un adjoint interarmées et par un chef d'état-major interarmées.