Les opérations de gestion font l'objet d'une évaluation annuelle. Un bilan annuel de l'exécution des conventions conclues en application de l'article R. 160-26 est établi, selon le cas, par la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés ou par la Caisse nationale du régime social des indépendants, puis communiqué pour avis et observations à l'organisme délégataire. Le bilan définitif ainsi que les observations de l'organisme délégataire sont transmis au ministre chargé de la sécurité sociale et au ministre chargé du budget.
Les opérations de gestion peuvent donner lieu à un audit réalisé à l'initiative, selon le cas, de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés ou de la Caisse nationale du régime social des indépendants.
Les organismes auxquels sont confiées des opérations de gestion sont tenus de fournir à la caisse nationale mentionnée à l'alinéa précédent tous les documents nécessaires au contrôle et à l'évaluation des opérations de gestion.