Le Commissariat général à l'égalité des territoires est dirigé par un commissaire général. Il a pour adjoint un commissaire général délégué, directeur de la ville et de la cohésion urbaine. Lui est aussi directement rattaché un délégué interministériel au développement de l'axe portuaire et logistique Méditerranée-Rhône-Saône. Le délégué interministériel prépare, anime et coordonne les travaux du comité directeur pour le développement de l'axe portuaire et logistique Méditerranée-Rhône-Saône. Il définit les conditions d'élaboration du schéma mentionné à l'article 6-1, et notamment les modalités selon lesquelles y sont associées les personnes publiques concernées par celui-ci. Le commissaire général est également assisté de deux directeurs chargés respectivement des stratégies territoriales et du développement des capacités des territoires.
En outre, le commissariat comprend les directions mentionnées ci-après et la mission de coordination de l'action interministérielle et sectorielle.