Outre les directions et services mentionnés dans le décret du 5 octobre 2009 fixant les attributions et l'organisation du secrétariat général du ministère de la défense susvisé, le secrétaire général dispose, pour l'exercice de ses attributions, des organismes suivants, qui lui sont directement rattachés :
-la délégation à l'accompagnement régional ;
-la sous-direction du pilotage des ressources humaines et financières ;
-la délégation des systèmes d'information d'administration et de gestion ;
-la mission des achats du ministère de la défense ;
-la mission d'aide au pilotage ;
-la mission communication ;
-la mission d'audit interne ;
-la mission développement managérial ;
-le coordonnateur central à la prévention ;
-l'Observatoire de la santé des vétérans.
En outre, il dispose d'un cabinet et, en tant que de besoin, de directeurs de projet, d'experts de haut niveau et de chargés de mission.