Les étudiants accomplissent tout au long de la formation de troisième cycle des stages.
Conformément à l'article R. 632-29 du code de l'éducation, au cours de la phase socle et de la phase d'approfondissement, les stages ont une durée d'un semestre. Au cours de la phase de consolidation, les stages ont une durée d'un an sauf lorsque les maquettes de formation prévoient qu'ils durent un semestre.
Conformément à l'article R. 632-27 du code de l'éducation, la formation en stage est accomplie en milieu hospitalier ou extrahospitalier, dans des lieux de stage agréés au sein de structures ou auprès de praticiens agréés-maîtres de stage des universités. Ces structures d'accueil et ces praticiens sont liés par convention avec un centre hospitalier universitaire.
Dans le cadre de leur activité en stage, pour toute la durée du stage et pour toute activité réalisée sur le lieu de stage, ils ne peuvent percevoir de rémunération ni du ou des responsables médicaux et pédagogiques ou praticiens agréés-maîtres de stage des universités ni des patients.